Nació en los suburbios de París, y se educó en la École normale supérieure. Su participación en la rebelión estudiantil en mayo de 1968 lo acercó al Partido Comunista francés, que más tarde lo expulsó por su homosexualidad. Enseñó Filosofía en la universidad Vincennes-Saint Denis de París y fue autor de numerosas novelas y obras teóricas.

Hocquenghem fue el primer varón que perteneció al Front Homosexuel d'Action Révolutionnaire (Frente Homosexual de Acción Revolucionaria), originalmente formado en 1971, a raíz de la escisión de un grupo de lesbianas del Mouvement Homophile de France. En 1972, anunció públicamente su homosexualidad en Le Nouvel Observateur, siendo el primer hombre en Francia en hacerlo.

Hocquenghem murió de una enfermedad asociada con el sida en 1988. Sus cenizas se encuentran en el cementerio Père-Lachaise.